【中華民國憲法本文】中，對於總統與行政院長的職權與層次，其實有非常清楚的界定，而且也有相關的民意機關制衡機制。但在李登輝主導制定了【中華民國憲法增修條文】，原本的憲法本文許多因此被凍結之後，不論憲法如何修改，行政體系的混亂卻始終無法解決。於是各方開始爭議雙首長制的可行性？是否該修改為總統制或內閣制？其實，回到原始憲法本文的精神，只要將憲法增修條文稍作修改，雙首長制還是優於總統制或內閣制。
在中華民國憲法本文的政府體制設計中，行政院為「治權機關」是「最高行政機關」，立法院為「政權機關」，是「最高民意機關」，政權與治權分立，行政權受立法權的節制，所以總統提名的行政院長必須經立法院行使「同意權」，行政院長有責任率部會首長到立法院作施政報告並備質詢，政府年度總預算及各種特別預算，也必須送交立法院審議，三讀通過後才能動支。
而總統重要職權之一的「院際間爭議調解」，也就是當五院（行政、立法、司法、考試、監察）之間發生爭議，在送交大法官進行憲法解釋之前，總統有權召集發生爭議的院長們進行溝通協調，能夠更彈性且迅速的弭平爭端，使政府運作更有效率。所以，中華民國憲法本文所賦予總統的權責與層次，遠優於總統制的最高行政權行使，也使政府體系的穩定性優於內閣制，這是完全不同於其他民主體制的特點。
雙首長制還有項常被忽視的特殊設計，也就是總統在某些重要決策發佈時，必須經過行政院長的附署同意，也就是由另一人再次審思判斷的程序，減少因為人性上的私利弱點、衝動、任性，或一時不察的錯失，導致決策實施後發生無可彌補的嚴重後果。許多人認為這種權力設計，會造成實務上的權責矛盾，殊不知當發生這種矛盾時，正代表決策上還有思考的空間，避免了貿然實施導致的不良後果。
綜合以上，其實總統制與內閣制的爭議，完全沒有意義。真正該着眼修改的方向是「行政院長同意權」的恢復實施，避免行政院長有責無權與總統越權，以及行政院長的去職機制設計。譬如：
立法院在甚麼情況下，可以實施不信任案，要求總統重新提名行政院長組閣？當總統的國政理念與行政院長相去太遠時，是否可以咨請立法院同意重新提名行政院長組閣？以及新任立法委員就職後，在新任總統就職前的空窗期，是否可經過簡易的決議程序，避免空窗期的看守內閣難產，政府體系空轉的問題…等。
國父 孫中山先生創見的五權憲法，其實是參考西方憲政實施經驗，並且融合中國歷代行政歷史，去蕪存菁而產生的智慧結晶。我們不該膚淺的一味模仿歐美的民主制度，反而丟棄了中華民國真正的民主珍寶。
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