【疑義】
按刑事訴訟法第163條係規定「當事人、代理人、辯護人或輔佐人得聲請調查證據，並得於調查證據時，詢問證人、鑑定人或被告。審判長除認為有不當者外，不得禁止之。法院為發見真實，得依職權調查證據。但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。法院為前項調查證據前，應予當事人、代理人、辯護人或輔佐人陳述意見之機會。」，是於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院「應」依職權調查之；法院為發見真實，則得依職權調查證據，惟法院為前開調查證據前，應予當事人、代理人、辯護人或輔佐人陳述意見之機會。
又最高法院61年台上字第2477號判例亦云「事實審法院應予調查之證據，不以當事人聲請者為限，凡與待證事實有關之證據，均應依職權詳加調查，方足發現真實。」。
足證，法院應依職權調查證據者，除「對被告之利益有重大關係事項」外，為維護公平正義，法院仍應依職權調查證據；而且法院為「發見真實」，也得依職權調查證據。
而今，最高法院舉行刑事庭會議作出重大決議「未來法官原則上不再主動調查對被告不利的事項，只調查對被告有利事項」，顯然不只是限縮「維護公平正義」而已，而是整體消滅刑事訴訟法第163條第2項：「法院為發見真實，得依職權調查證據。但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。」中的「法院為發見真實以及為維護公平正義，依職權調查證據」之權利及義務，僅剩「法院就對被告之利益有重大關係事項，依職權調查證據」之權利及義務，顯有修法之實，違反了權力分立原則，自是不妥。
何況，刑事訴訟法第2條第1項也規定「實施刑事訴訟程序之公務員，就該管案件，應於被告有利及不利之情形，一律注意。」，其縱係一種訓示規定（最高法院28年滬上字第13號判例參照），最高法院前開刑事庭會議決議「未來法官原則上不再主動調查對被告不利的事項，只調查對被告有利事項」，也與刑事訴訟法第2條第1項規定有所違反，益增最高法院前開刑事庭會議決議之妥善性，讓人質疑。
至於刑事訴訟法第161條第1項：「檢察官就被告犯罪事實，應負舉證責任，並指出證明之方法。」所明定「檢察官就被告犯罪事實，負有舉證之責任」，以及公民與政治權利國際公約第14條第2款：「受刑事控告之人，未經依法確定有罪以前，應假定其無罪。」、人權委員會第32號一般性意見：「30. 根據第十四條第2款，凡受刑事指控者，在未依法證實有罪之前，應有權被視爲無罪。無罪推定是保護人權的基本要素，要求檢方提供控訴的證據，保證在排除所有合理懷疑證實有罪之前，應被視爲無罪，確保對被告適用無罪推定原則，並要求根據這一原則對待受刑事罪行指控者。所有公共當局均有責任不對審判結果作出預斷，如不得發表公開聲明指稱被告有罪。被告通常不得在審判中戴上手銬或被關在籠中，或將其指成危險罪犯的方式出庭。媒體應避免作出會損及無罪推定原則的報導。此外，預審拘留時間的長短並不能說明罪行情況和嚴重程度指標。拒絕保釋或在民事訴訟中的賠償責任判決並不會損及無罪推定。」、最高法院92年台上字第128號判例：「刑事訴訟法第一百六十一條已於民國九十一年二月八日修正公布，其第一項規定：檢察官就被告犯罪事實，應負舉證責任，並指出證明之方法。因此，檢察官對於起訴之犯罪事實，應負提出證據及說服之實質舉證責任。倘其所提出之證據，不足為被告有罪之積極證明，或其指出證明之方法，無從說服法院以形成被告有罪之心證，基於無罪推定之原則，自應為被告無罪判決之諭知。本件原審審判時，修正之刑事訴訟法關於舉證責任之規定，已經公布施行，檢察官仍未提出適合於證明犯罪事實之積極證據，並說明其證據方法與待證事實之關係；原審對於卷內訴訟資料，復已逐一剖析，參互審酌，仍無從獲得有罪之心證，因而維持第一審諭知無罪之判決，於法洵無違誤。」所言「無罪推定原則」，與刑事訴訟法第163條第2項：「法院為發見真實，得依職權調查證據。但於公平正義之維護或對被告之利益有重大關係事項，法院應依職權調查之。」之規定，尚屬有間，而且兩者也非不能併存；縱以「體系解釋」來限縮「條款」之適用範圍，也不可逾越司法權限，而行修法之實，違反權力分立原則。
換言之，縱使為消除「法院依職權調查證據，似有聯合檢察官，欺壓被告之疑慮」，基於「武器平等原則」，有必要限縮「法院依職權調查證據」之範圍，也應循修法之途，而非由最高法院逾越司法權限逕予為之。
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