自95年徵收至今的水資源保育費已有30億，卻不到2%用在水資源保育，環團、立委提出水資源保育費被不當使用的現況，要求政府應加強落實水資源保育，以及不應不當開發水資源，破壞河山環境。
台灣環境保護聯盟 陳逸芳
記者會由台灣電磁輻射公害防治協會、台南環境保護聯盟主辦，台灣環境保護聯盟、彰化環保聯盟、屏東環保聯盟、地球憲章聯盟等環保團體出席、立法委員田秋堇、黃淑英、王進士、葉宜津、賴清德五位聯合出席，共同提出水資源保育費帳目不清、用在保育項目的使用不當，保育費用分配不均以及政府不當水源開發，將引起水源保育的危機等問題。
水資源不當開發
彰化及屏東都有水資源不當開發的隱憂，屏東環境保護聯盟理事長洪輝祥表示，屏東吉洋人工湖之開發極可能造成高屏水資源破壞，包括生態環境破壞、水質劣化、地層下陷加劇，引起更廣大範圍之地下水被污染之虞，農地大量減少及影響糧食生產等。
彰化環境保護聯盟施月英指出，中科四期為地下水管制區，國光石化地層下陷管制區，水源如此缺乏的縣市，卻要引進高秏水產業。開發大度攔河堰越域引水需建造長達60公里的水管引水，引到中科四期的水管更長達近100公里，預估建設經費需花費將近300億，平均1公里需耗費3億，大度攔河堰不適合開發，卻因為這2個開發案而過關。且在大度攔河堰下游2、3公里的地方有彰化斷層，這寬度達2.5公尺的管線，對沿線經過9個鄉鎮恐會造成危險，也將造成大度溪野生保護區的生物多樣性下降。
水資源保育費不當使用
台灣電磁輻射公害防治協會理事長陳椒華提到，水資源保育費用在各個水源區，像是開鑿挖路，然而山壁又會被沖刷到水庫，例如造成烏山頭水庫這幾年來淤積愈來愈嚴重。水保費或是被用在光雕藝術工程經費、設備採購、裝潢、甚至旅遊等多種非與水資源保育相關的用途，這樣的不當使用需請立法院凍結費用預算。
立委田秋菫表示，今年水利署報告曾文水庫蓄水量只有37%，烏山頭水庫也只有48.8%，水源保育問題面臨嚴重問題，水源保育費竟還拿來作為開路的有害水源保育用途。自95年徵收至今的水資源保育費已有30億，卻不到2%用在水資源保育，非常離譜。
環保聯盟秘書長李卓翰指出，不只是水資源保育費，國內有很多環保基金假借環保的名義，來破壞環保，像是土污基金、碳基金，環保團體應作環保基金總體檢，查核是否有防礙環保之嫌。
水資源保育費帳目不清
台灣電磁輻射公害防治協會理事長陳椒華指出，水資源保育費的運用，經濟部水利署有5%是用在經濟部的行政管理費，並另外運用3.5%經費給工作小組，使用單位包括鄉鎮、縣市政府。現在費用資訊公開的只有鄉鎮、縣市政府，我們要求經濟部公開5%的錢用在哪。
水源保育費”太扯”，哪裡有水源保育功能?
| 自來水水質水量保護區 | 使用明目 | 費用(元) | 總計(元) | 備註 |
| 帳目不清 | ||||
| 新店溪青潭 | 96年度全鄉生態保育設施整修維護工程，保留經費3,000,000配合97年光雕藝術工程支出 | 3,000,000 | 離譜(原生態整修挪成光雕用 | |
| 新店溪青潭 | 辦理有線電視月租費，補助泰平村民有線電視月租費，每戶補助6,000元 | 1,404,00 | ||
| 鳳山水庫保護區 | 高雄市小港區:鳳騰宮廣場前綠美化工程 | 3,744,669 | 3,744,669 | 第一名 |
| 鳳山水庫保護區 | 2007年高雄市行政費62%購買電腦相關設置2008年高雄市行政費42%購買電腦相關設置 | 2007年278,6322008年222,084 | 500,714 | (買電腦相關設置佔行政費51%) |
| 蘭潭、仁義潭 | 辦理保護區內所在里路監視器之設置 | 3,100,000 4,600,000 | 770萬 | (裝監視器佔總執行經費30%以上) |
| 石岡壩 | 2007年行政費40%購買電腦相關設置2008年行政費49%購買電腦相關設置 | 2007年910,0002008年1,144,000 | 2,054,000 | (買電腦相關設置佔行政費49%) |
| 石門水庫 | 2007年行政費72%購買設備費：購置辦公設備、鐵櫃所花經費為。2008年行政費71%購買設備費：擴充會議室軟硬體設備費用共計534,709元。 | 2007年590,8402008年534,709 。 | 1,125,549 | （辦公設備佔行政費71.3%) |
| 苗栗縣明德水庫 | 2008年行政費77%購買電腦相關設置 | 2008年129,776 | 129,776 | (買電腦相關設置佔行政費77%) |
| 新店溪青潭 | 臺北縣烏來鄉中元普渡及宗教活動費 | 1,099,855 | 1,099,855 | |
| 新店溪青潭 | 臺北縣新店辦理寺廟祭祀、慶典等民俗活動 | 1,043,237 | 1,043,237 | |
| 新店溪青潭 | 臺北縣雙溪鄉辦理寺廟祭祀、慶典等民俗活動 | 1,476,762 | 1,476,762 |
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