99年4月8日由立法院呂學樟委員召集司法及法制委員會全體委員會議，邀請新任法務部長曾勇夫首次率相關業務主管報告，呂學樟、羅淑蕾、邱毅、賴坤成、田秋堇、蔡正元等委員均以太極門等冤案為例，針對檢察官濫權起訴、羈押與違反偵查不公開等司法沉痾，提出質詢。
85年間在宗教掃黑的社會背景下，不實黑函漫天投訴，太極門也遭受池魚之殃。當時高雄地檢署蕭檢察官及新竹地檢署周檢察官，分別接獲不實檢舉對太極門展開調查，均查無不法，也查無任何受害人。高雄地檢署於同年11月30日行政簽結，新竹地檢署也在同年12月18日於媒體表示將會簽結。
二處地檢署均已查證太極門的清白。但是12月19日，距新竹地檢署即將簽結之新聞報導僅隔一日，侯檢察官僅憑3個人不實檢舉，在沒有查證也沒有傳訊任何人的情況下，即發動全省檢警調數百人荷槍實彈，搜索全省太極門道館及部分太極門弟子的住處共19處。更嚴重的是違反偵查不公開，將搜索訊息洩露給媒體。當日掌門人還在接受偵訊之時，中視晚間新聞已公開播報搜索畫面，並且宣稱太極門涉嫌宗教詐財，這明顯是檢調事先洩漏未經查證的消息給媒體。
當天晚上搜索完畢，到報紙截稿前，掌門人仍在調查局接受偵訊，且所有搜索證物都未經調查，即便是侯檢察官在起訴書中所誣指的兩帳戶，搜索當日金額只有61萬餘元。但是隔日媒體卻以斗大標題刊載「太極門涉詐財三十一億」的不實消息！
侯檢察官於偵查期間，不斷洩漏未經調查的不實證據及偵查內容給媒體，造成偵查期間近四個月內，出現400多篇連載式聳動不實的媒體報導，以及12家電視台70次以上的播報，形成輿論定罪、未審先判！導致掌門人夫婦及全體海內外太極門弟子的人格清譽，遭受到嚴重的破壞。侯檢察官偵查大公開的辦案手法，使法律上「無罪推定」的原則形同虛文！
依據該次委員會議中國民黨立委羅淑蕾質詢時指出：根據司法院統計資料，目前纏訟十年以上的案件差不多超過二百件， 2008年最高法院判決確定案件，在6,542件裡面，無罪確定的案件有697件，也就是說有一成都是冤枉的，因此偵查大公開之結果，造成當事人無可彌補的名譽損失。此如范立達先生「如何確保檢察權之獨立與中立」檢察改革系列研討會中所表示「以轟動一時之『太極門案』為例，該案歷經十一年的調查，終獲無罪判決定讞，被告也聲請冤獄賠償獲准。然而，見諸報端之消息卻僅如一鱗半爪，與當年檢調單位偵辦時浩浩蕩蕩的規模完全不可同日而語。甚且，截至今日，在媒體上尚未見過完整檢討或批判這件刑事案件偵辦過程中，檢察官是否有重大瑕疵的新聞或評論，……被告人權的保障，在本案中可謂蕩然無存。」。足見檢察官一旦違反偵查不公開，對當事人之名譽傷害即已造成，即使司法已還其清白，仍無法平衡當事人所受的屈辱，當事人所受之深痛鉅傷、人權損害，永難平復。
本案事後經監察院91年的調查認定「檢察官率員實施搜索扣押時，對於媒體在場攝影未予管制，侵害當事人權益；另檢察官偵辦案件期間多次接受媒體採訪，公開對外談論案情，有無違反刑事訴訟法偵查不公開相關規定，法務部應責成所屬深入查明究辦」。但根據立法院公報所揭櫫台灣高等檢察署所組成「偵查中案件新聞督導小組」的統計資料顯示，自2001年2月15日至2005年1月14日止，高檢署所屬各檢察機關違反「檢察、警察暨調查機關偵查刑事案件新聞處理注意要點」而發函或口頭糾正的案件僅有24件，呈報法務部懲處案僅有2件，懲處結果是當事人記申誡1次，首長記警告一次。顯見部分違法侵害人權的檢察官，根本未獲適時、適法之懲處，致使「無罪推定」在偵查大公開下，名存實亡。
正如立委們質詢時所表示，太極門案只是冰山一角，也是台灣司法人權上非常重要的案子，法務部應就整個體制做檢討，以防檢察官濫權過度，侵害人權。法務部長更應痛下決心儘速改革，嚴懲違法失職的檢察官，不可重蹈覆轍，官官相護。就像羅淑蕾委員於立法院國是論壇時表示，侯寬仁檢察官不當的起訴，遭受監察院調查，檢察署若不予追究，將無法使人民服氣。人民最關切的是：如果違法濫權的檢察官不受懲處，那將會有多少無辜人民繼續受害？
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